胃腸科とは胃と大腸の疾患を専門的に診断・治療をする診療科です。一方で消化器科は、胃と大腸のほか、食道、十二指腸、肝臓、膵臓、胆嚢など消化器臓器に関するすべての診断・治療を行う診療科です。具体的に胃腸科では、胃炎や胃潰瘍、胃ポリープ、胃がん、潰瘍性大腸炎、クローン病、大腸がんなどを診断し、消化器科ではそれらを含め、B型肝炎、C型肝炎、肝硬変、肝臓がん、肝炎、脂肪肝、胆嚢結石、胆管がん、急性膵炎、膵臓がんなどの治療も行います。しかし現在では胃腸科であっても、胃カメラやエコーなどで胃がんや大腸がん、十二指腸潰瘍がん、肝疾患などの診断をするなど、消化器科と同じ程度の診断をする医療機関もあり、2つの違いは小さいものになってきています。 胃腸科専門の医療機関の中には、胃や大腸の病気に対して専門的な検査、治療をしているところもあります。その他にも胃がんや大腸がんなどの早期発見のための検査や、内視鏡の検査や治療、腹腔鏡下手術など患者さんの負担や苦痛を軽減する治療、潰瘍性大腸炎やクローン病に関する診断や治療などに尽力している病院もあります。
胃と大腸の診断・治療に関して特化している医療機関もありますが、ほとんどが胃と大腸以外の疾患も診断・治療するようになっており、2つの診療科の違いは明確にはありません。 胃もたれや胃痛、胸やけ、便秘・下痢、腹部膨満感、食欲低下、体重減少などは多くの人が経験する疾患ですが、胃腸科でも消化器科でも診断することが可能です。胃のあたりに痛みや違和感を認めながらも、検査をすると胃や十二指腸には異常がない、という機能性胃腸症という疾患や、下痢や便秘を繰り返し、完治する望みの薄い過敏性腸症候群なども、どちらの診療科でも診断します。 ただし、胃腸科と標榜している医療機関の中には、消化器科で行われる検査をしない医療機関もあります。その場合は消化器科での診察になることもあります。